Como resultado de los procesos históricos de colonización es evidente la disminución de la cobertura vegetal protectora–productora, especialmente en el piso de selva andina, zona de vida de mayor productividad en materia de agua. Sin duda, la pérdida de protección de los suelos afecta su capacidad de regulación hidrológica, lo que a su vez tiene impactos en la florística, mucha de ésta endémica. Así mismo, la dedicación de amplias zonas de la cuenca a la ganadería extensiva, sumada al sobrepastoreo y a la introducción de especies invasoras, han incrementado la erosión transformando amplias áreas en laderas improductivas.
En lo que corresponde a la cuenca media (zona de selva tropical de 1.500 a 500 msnm), el cultivo del café sustituyó a la vegetación original por un bosque artificial, que, no obstante los beneficios para la actividad cafetera, ha tenido un alto costo ecológico.
En las partes altas, la colonización avanzó más allá del cinturón superior cafetero (1.200 a 2.200 msnm), afectando la vegetación original y alterando la regularidad de los flujos en las redes terciarias y secundarias que alimentan las redes principales de las cuencas. A partir de los 2.200 msnm, e incluso en el piso de páramo (3.000 a 4.000 msnm) se acude a la quema con el fin de introducir pequeños cultivos y pastizales de sostenimiento de actividades ganaderas.
Todo lo anterior ha producido la degradación de los lugares sagrados, el despojo del territorio tradicional y la desaparición de múltiples especies de los bosques, indispensables y necesarias tanto para la vida de la naturaleza como para la alimentación de las comunidades Kággaba. La crisis alimentaria afecta hoy gravemente a nuestras gentes.